ABINIT :
بسته ی نرم افزاری ABINIT یک بسته ی محاسباتی است که با استفاده از آن می توان انرژی کل،چگالی بار و ساختار الکترونی سیستمهای متشکل از الکترون و هسته (مولکولها و جامدات متناوب) را بر پایه ی نظریه تابعی چگالی (DFT) ، با استفاده از امواج تخت و شبه پتانسیل ها بدست آورد. در این بسته، بررسی حالات برانگیختهی یک ماده با استفاده از نظریه تابعی چگالی وابسته به زمان (TDDFT) و نظریه اختلال بس ذره ای در تقریب GW و حل معادله بت-سلپیتر (Bethe-Salpeter Equation) صورت می گیرد. علاوه بر این با استفاده از بسته ABINIT میتوان برای مواد و نانوساحتارهای خود خواص اپتیکی، مغناطیسی، الاستیکی، ترمودینامیکی و …را بررسی کرد.
این نرم افزار یک نرم افزار کد باز است که برای کار در محیط لینوکس نوشته شده است، اگر چه در سال های اخیر نسخه ی ویندوز آن نیز ارايه شده است.
این بستهی نرم افزاری قابلیت محاسبهی اکثر تقریبهای انرژی تبادلی- همبستگی مانند LDA، GGA، LSDA و LDA+U را دارد.
همچنین با استفاده از ABINIT می توان محاسبات مربوط به حالات برانگیختهی یک ماده را انجام داد.
قابلیت های ABINIT
1.محاسبه نیروهای بین اتمی، تنش، و بهینه سازی ساختار یونی.
2.محاسبهی انرژی حالت پایهی سیستم و چگالی بار و استخراج ویژه تابعها و ویژه مقدارهای معادلات کوهن- شم با استفاده از حل خودسازگار معادلات کوهن-شم.
3.بررسی قطبش ماکروسکوپیک و میدان الکتریکی محدود (Berry Phases) .
4.محاسبه انرژی آزاد سطح برای یک ماده
5.بررسی برهم کنش الکترون- فونون و خواص ابررسانایی
6.بررسی خواص الاستیکی و پیزو الکتریک
7.محاسبهی فرکانس فونون ها با استفاده از نظریه اختلالی تابعی چگالی(DFPT)
8.بررسی خواص مغناطیسی و برهمکنش اسپین-مدار.
9.محاسبه پذیرفتاری اپتیکی غیر خطی،تانسور رامان و ضرایب الکترو-اپتیک
10.انجام محاسبات DFT+U و تعریف یک U مناسب برای DFT+U
11.انجام محاسبات با استفاده از تکنیک) PAW (Projector augmented wave
12.بدست آوردن ساختار نواری شبه ذره ای Quasiparticle band structure با استفاده از تقریب GW
13.بدست آوردن طیف جذب شامل اثرات اکسیتونی با حل معادله بت-سلپیتر (BSE)
14.بدست آوردن انرژیهای حالت برانگیخته و طیف اپتیکی با استفاده از TDDFT
همه محاسبات فوق برای هر دو نوع عایق و فلزات، در هر ساختار بلوری، برای بسیاری از توابع تبادلی-همبستگی (exchange correlation) از جمله قطبش اسپین، DFT + U، شبهه پتانسیلهای نرم پایسته (NCPPs) مورد استفاده قرار می گیرد.
دوره ی آموزشی ABINIT
دوره ی آموزشی ABINIT در دو سطح مقدماتی و پیشرفته برگزار می شود. مباحث آموزش داده شده در هر سطح به شرح زیر می باشد:
سطح مقدماتی:
1.مقدمه ای بر فیزیک/شیمی محاسباتی
2.معرفی سیستم عامل لینوکس و آشنایی با دستورات پر کابرد در لینوکس
3.آشنایی با تئوری های مورد نیاز برای کار با ABINIT از قبیل نظریه تابعی چگالی (DFT)
4.نصب نرم افزار ABINIT و آشنایی با قابلیت ها و بخش های مختلف نرم افزار
5.آماده سازی فایل های ورودی ABINIT
6.رسم ساختار نواری (Band Structure) و چگالی الکترونی برای یک نیمه رسانا
7.رسم انرژی سطح (Surface energy) برای یک فلز
8.معرفی نرم افزارهای جانبی مانند v_sim،jmol،gnuplot برای مشاهده ی ساختارها، رسم نمودار ها و …
سطح پیشرفته:
1.معرفی و آموزش نرم افزار OpenDX برای تجزیه و تحلیل فایل های خروجی ABINIT
2.آشنایی با تئوریهای مربوط به محاسبات حالت برانگیخته ( تقریب GW و معادله ی بت-سلپیتر BSE)
3.انجام محاسبات GW و رسم ساختار نواری شبه ذره ای) (Quasiparticle band structure
4.انجام محاسبات BSE و رسم طیف جذب شامل اثرات اکسیتونی برای یک ماده
5.معرفی تئوری TDDFT و انجام محاسبات آن با استفاده از ABINIT
GROMACS :
بسته ی نرم افزاری GROMACS، برای انجام شبیه سازی دینامیک مولکولی سیستم های بس ذره ای بر اساس معادلات حرکت نیوتن گسترش یافته است. از این نرم افزار بصورت گسترده در بررسی و شبیه سازی سیستم های زیستی استفاده می شود. کلمه GROMACS مخفف کلمات زیر می باشد:
Groningen Machine for Chemical Simulations
این نرم افزار تحت سیستم عامل لینوکس قابل اجرا است. قبل از نصب نرم افزار بایستی برنامه fftw نصب شود. پس از ایجاد ساختار اولیه سیستم مورد نظر و انتخاب شرایط شبیه سازی و میدان نیرو، که قلب هر شبیه سازی دینامیک مولکولی می باشد، سیستم به سطح حداقلی از انرژی رسانده می شود و بعد از مرحله تعادل رسانی، از سیستم مورد نظر نمونه برداری می شود. در نهایت فایل مسیر (trajectory) حاصل می شود. عمده پارامترها از تجزیه و تحلیل فایل مسیر به دست می آیند. از دیگر نرم افزار های مشابه می توان به لمپس اشاره کرد.
قابلیت های GROMACS
فایل مسیر در هر شبیه سازی شامل موقعیت، سرعت و شتاب تک تک اتم های سازنده سیستم است. از تجزیه و تحلیل فایل مسیر حاصل از شبیه سازی می توان موارد زیر را محاسبه کرد:
۱) انرژی جنبشی، انرژی پتانسیل و انرژی کل سیستم
۲) دما، فشار، دانسیته
۳) Root Mean Square Deviation
۴) Root Mean Square Fluctuation
۵) Radial Distribution Function, Spatial Distribution Function
۶) ساختار دوم پروتئین (dssp)
۷) انرژی برهمکنش (کولمبی و لنارد جونز برد بلند و برد کوتاه) میان اجزای موجود در سیستم
۸) آنالیز پیوندهای هیدروژنی
۹) آنالیز پل های نمکی (salt bridge) در سیستم های باردار
۱۰) پارامتر ترتیب در لیپیدها
۱۱) انرژی آزاد
۱۲) ضریب نفوذ
۱۳) تحول زمانی فاصله میان مرکز جرم دو گروه در سیستم
۱۴) توزیع و همبستگی زوایا و دای هدرال ها
۱۵) رسم نمودار راماچاندران برای دای هدرال های Phi/Psi
۱۶) سطح در دسترس حلال
۱۷) Radius of Gyration
*** در برخی از موارد می توان فایل مسیر حاصل از نرم افزار GROMACS را به عنوان ورودی برای برنامه های دیگر (3DNA و Curves) استفاده کرده و پارامترهای دیگری مانند پارامترهای پیچشی در DNA را بدست آورد.
دوره ی آموزشی GROMACS
دوره ی آموزشی GROMACS در دو سطح مقدماتی و پیشرفته برگزار می شود. مباحث آموزش داده شده در هر سطح به شرح زیر می باشد:
سطح مقدماتی:
۱. معرفی سیستم عامل لینوکس
۲. اجرای دستورات پر کاربرد لینوکس
۳. اهمیت و جایگاه فیزیک/شیمی محاسباتی – دینامیک مولکولی
۴. آشنایی با مبانی نظری دینامیک مولکولی ( میدان نیرو، شرایط مرزی متناوب، گام زمانی و شعاع قطع)
۵. نصب و حذف نرم افزار GROMACS
۶. انواع میدان نیرو،نحوه انتخاب میدان نیرو و آشنایی با فایل های سازنده یک میدان نیروی نوعی
۷. آماده سازی فایلهای ورودی (فایل های ساختاری pdb و gro) برای استفاده در GROMACS
۸. بررسی شرایط انجام شبیه سازی (دما، فشار، زمان، …) و انجام تنظیمات اولیه (فایل های mdp)
۹. آشنایی با محیط نرم افزار GROMACS و بخش های مختلف آن
۱۰. انجام شبیه سازی دینامیک مولکولی یک سیستم ساده زیستی :
الف. ایجاد جعبه شبیه سازی برای ساختار مورد نظر و حلال پوشی آن
ب. حداقل رسانی انرژی، تعادل رسانی ساختار مورد مطالعه، بررسی خواص کنترلی و نمونه برداری
۱۱. تجزیه و تحلیل نتایج حاصل از شبیه سازی دینامیک مولکولی
۱۲. آشنایی با نرم افزار کمکی VMD جهت بررسی شماتیک فایل مسیر (trajectory) و فایل های ساختاری (gro و pdb) مرتبط با ساختار مورد مطالعه سطح پیشرفته:
۱. شبیه سازی دینامیک مولکولی کمپلکس پروتئین-DNA و تجزیه و تحلیل داده ها (تئوری/محاسباتی).
۲. شبیه سازی دینامیک مولکولی پروتئین–لیگاند در میدان نیروهای مختلف و تجزیه و تحلیل داده ها (تئوری/محاسباتی).
۳. شبیه سازی دینامیک مولکولی نانولوله های کربنی و تجزیه و تحلیل داده ها (تئوری/محاسباتی).
۴. شبیه سازی دینامیک مولکولی پروتئین غشایی و لیپید و تجزیه و تحلیل داده ها (تئوری/محاسباتی).
۵. شبیه سازی دینامیک مولکولی دارو- DNA و تجزیه و تحلیل داده ها (تئوری/محاسباتی).
*** در برخی از موارد، با انجام شبیه سازی دینامیک مولکولی سیستم های زیستی می توان به اطلاعات و جزئیاتی در سطح مولکولی دست پیدا کرد که با روش های تجربی قابل دستیابی نیستند. در موارد دیگر، با در دست داشتن داده های تجربی و مقایسه داده های حاصل از شبیه سازی با آنها، می توان به صحت نتایج حاصل از شبیه سازی پی برد.
پسا دکتری در وین (اتریش)
موقعیت پسادکترا در وین (اترش) برای شبیهسازی خواص ترابردی در correlated materials
از متقاضیان دعوت میشود تا در صورت علاقه برای موقعیت پسادکترا در دانشگاه صنعتی وین در اتریش برای شبیهسازی خواص ترابردی در correlated materials با دکتر جان تُمزک (Jan Tomczak) همکاری کنند. متقاضیان باید مدرک دکترا در ضمینه ماده چگال، علوم مواد یا شیمی کوآنتمی داشته باشند؛ همچنین ضروری است دانش کافی درباره ی روشهای بسذرهای، تابع گرین (Matsubara) و دیاگرامهای فاینمن، داشتهباشند. این پروژه همچنین به دانش پیشرفته و تجربه در برنامهنویسی به زبان سی (C) و فرترن (FORTRAN) نیاز دارد. دانش کافی درباره ی نظریه تابع چگالی (Density Functional Theory) و تجربه رایانش موازی امتیاز محسوب میگردد.
تاریخ شروع جولای 2017 [معادل دی ماه 1396] است (البته قابل انعطاف می باشد). دستمزد حدود 3590 € در ماه بوده و در 14 نوبت در سال پرداخت انجام می گیرد.
برای درخواست، CV، مقالات، کارهای علمی و تجربههای علمی خود را به همراه انگیزشنامه کوتاه، تنها در یک فایل PDF به آدرس زیر بفرستید:
این آدرس ایمیل توسط spambots حفاظت می شود. برای دیدن شما نیاز به جاوا اسکریپت دارید
پست داک در دانشگاه BATH، انگلستان
در زمینه مدل سازی و شبیه سازی باتری های لیتیومی با استفاده از DFT دانشگاه BATH، انگلستان
چند موقعیت پست داک در برنامه تحقیقاتی مطالعه نقص های بلوری، ترابرد الکتریکی و خواص سطح در مواد به کار رفته در باتری های لیتیومی با روشهای ابتدا به ساکن موجود می باشد. این پروژه شامل برسی تداخل یون در سطوح الکترود و اثرات مرزها در سطوح با استفاده از نظریه تابع چگالی (DFT)و تکنیک های مونت کارلو می باشد. این پروژه بخشی از پروژه بزرگ مدل سازی بین رشته ای چند بعدی در مورد باتری های لیتیومی در موسسه فارادی به همراه مدل سازی پیوسته و مطالعات ساختاری و الکتروشیمیایی تجربی است. برای کسب اطلاعات بیشتر با ایمیل زیر مکاتبه نمایید:
این آدرس ایمیل توسط spambots حفاظت می شود. برای دیدن شما نیاز به جاوا اسکریپت دارید
پست دکتری Hunter College :
بمنظور کار بر روی توسعه ی تئوری تابعی چگالی وابسته به زمان (TDDFT) در زمینه ی دینامیک و برانگیختگی الکترونی، و همچنین مطالعه بر روی متدهای الکترودینامیک غیر بی دررو بر پایهی فاکتورگیری دقیق، دو فرصت پست دکتری در گروه تحقیقاتی Hunter College of the City University of New York با حقوق سالانه $42,000 – $48,000 ایجاد شده است. علاقمندان می توانند مقالات مرتبط این گروه را در لینک زیر مطالعه کنند:
اینجا
برای این شغل، تجربه کار بر روی متدهای تئوری تابعی چگالی (DFT) / یا دینامیک غیر بی درو مورد ضروری است. این شغل مناسب فردی است که دکترای فیزیک یا شیمی داشته باشد.
نزدیکترین تاریخ آغاز پروژه سپتامبر 2016 خواهد بود.
برای اطلاعات بیشتر با ایمیل زیر مکاتبه نمایید.
این آدرس ایمیل توسط spambots حفاظت می شود. برای دیدن شما نیاز به جاوا اسکریپت دارید
پست دکتری، دانشگاه ملی سنگاپور :
گروه تحقیقات تئوری پروفسور Jian-Sheng Wang در دانشگاه ملی سنگاپور از علاقمندان دعوت به همکاری می نماید.
این فرصت تحقیقاتی در زمینهی مطالعهی تئوری ترموالکتریک (خصوصیات ترابرد الکتریکی و گرمایی مواد) میباشد. این پروژه راجع به محاسبهی مواد ترموالکتریک به کمک تئوری انتقال بولتزمن با استفاده از ورودیهای روشهای ابتدا به ساکن است. انتظار میرود داوطلبین اطلاعات خوبی دربارهی روشهای ابتدا به ساکن (DFT) و همچنین مهارتهای تحلیلی و محاسباتی عالی داشته باشند.
این پست داک برای یک دورهی یک ساله خواهد بود.
آخرین مهلت: اول جولای 2016
برای اطلاعات بیشتر با ایمیل زیر مکاتبه نمایید.
این آدرس ایمیل توسط spambots حفاظت می شود. برای دیدن شما نیاز به جاوا اسکریپت دارید
پست دکتری، دانشگاه نیوکاسل :
فرصت مطالعاتی فوق دکتری یک ساله در گروه Penfold مستقردر دانشکدهی شیمی دانشگاه نیوکاسل فراهم شده است. این موقعیت برای مطالعهی محاسباتی بر روی خصوصیات حالت برانگیختهی گسیلندههای حرارتی فعال تاخیری فلورسانس است. این پروژه با همکاری گروه پروفسور (Andy Monkman (Durham Physics و Cynora GmBH انجام خواهد شد. این فرصت مطالعاتی بر اساس برخی از کارهایی که اخیرا در گروه منتشر شده تعریف شده است:
.(Gibson et al.ChemPhysChemDol: 1001002/cphc.201600662(2016
داوطلبان باید در زمینهی محاسبات شیمی کوانتومی مهارت داشته باشند و همچنین کار با زبان برنامهنویسی ترجیحا فورترن را بدانند. همچنین داشتن تجربهی عملی در زمینهی دینامیک مولکولی یک مزیت محسوب میشود.
تاریخ شروع به کار قابل تغییر بوده اما نهایتا تا پیش از اکتبر 2016 می باشد. پایان زمان درخواستها 22 جولای 2016 می باشد.
برای اطلاعات بیشتر با ایمیل زیر مکاتبه نمایید.
این آدرس ایمیل توسط spambots حفاظت می شود. برای دیدن شما نیاز به جاوا اسکریپت دارید
پست دکتری، کالج پادشاهی لندن :
این پروژه بخشی از پروژه ی همکاری با سیمونز (Simons) در زمینه ی سیستم های بس الکترونی با هدف رسیدن به توصیفی دقیقتر و کنترل شدهتر بر روی سیستمهای الکترونی همبسته است. این پروژه قصد دارد متد GW را برای مطالعه ی ساختار الترونیکی مواد به کمک ترکیب اصلاحات ورتکس (vertex) با تکنیک مونتکارلو توسعه دهد. این پروژه زیر نظر اوگن کوزیک (Evgeny Kozik) و با همکاری نزدیک با مارک ون شیلفگارد (Mark van Schilfgaarde) در کالج پادشاهی لندن انجام خواهد شد. شرایط لازم برای این فرصت شغلی، داشتن تخصص بالا در زمینه ی توسعه و کاربرد روش های ابتدا به ساکن (ab initio) در محاسبات ساختار نواری، تجربه ی کار با رهیافت های مرتبط با سیستم های همبسته (مانند روش های GW، نظریه ی میدان متوسط دینامیک، مونت کارلوی کوانتومی) و برنامه نویسی این حوزه ها می باشد. این فرصت برای دوسال تعریف شده و بر اساس عملکرد متقاضی، قابل افزایش می باشد.
حقوق در نظر گرفته شده برای این شغل 27,328 تا 38,896 پوند می باشد.
این فرصت شغلی تمام وقت به مدت 24 ماه بوده و قابل افزایش می باشد. زمان شروع پروژه توافقی خواهد بود اما لازم به ذکر است که در اولین فرصت ممکن این فرصت شغلی پر خواهد شد.
برای اطلاعات بیشتر با ایمیل زیر مکاتبه نمایید.
این آدرس ایمیل توسط spambots حفاظت می شود. برای دیدن شما نیاز به جاوا اسکریپت دارید
دکتری در زمینه شبیه سازی ساختارها آلی-معدنی : متقاضیان هماکنون میتوانند برای دوره دکترا مدلسازی محاسباتی ترکیبات آلی-فلزی که تمامی هزینههای آن تامین میشود، درخواست بفرستند.
متقاضیان دوره دکترا در حوزه شیمی محاسباتی، دعوت میگردند که تحت نظر دکتر دیوید تیانا [Davide Tiana] از گروه شیمی، در کالج دانشگاهی کُرک، کار کنند.
از شرایط پذیرش این فرصت، داشتن مدرک شیمی، فیزیک و یا علوم مواد، و همچنین فن بیان و نوشتار مناسب به زبان انگلیسی می باشد. تجربه مدلسازی رایانهای ضروری نیست زیرا تمامی آموزشها در طی این مقطع ارائه خواهد شد.
در دوره دکترا این امکان وجود دارد تا شما یک متخصص مدلسازی مواد شوید به علاوه امکان دسترسی به مرکز پیشرفته ی محاسباتی ایرلند (ICHEC) را خواهید داشت و میتوانید شیبهسازیهایی بسیار پیشرفتهتر از علم روز در شیمی محاسباتی انجام دهید. همچنین، این دوره با همکاری نزدیک با گروههای تجربی بوده و این اطمینان را ایجاد خواهد کرد که بهترین مواد تولید شده در دوره، سنتز و خصوصیت سنجی شوند.
به طور مشخص این دوره برای طراحی و مدلسازی فرمورکهای آلی-فلزی بوده و یکی از این زمینه ها را انتخاب خواهید کرد: الکترونیک نوری [Opto-electronics]، کاتالیز نوری [Photo-catalysis] و یا نانو کامپوزیت [Nanocomposite].
برای اطلاعات بیشتر با ایمیل زیر مکاتبه نمایید.
این آدرس ایمیل توسط spambots حفاظت می شود. برای دیدن شما نیاز به جاوا اسکریپت دارید
دکتری در زمینه شبیهسازی نانو ساختارهای مشتق شده از گرافین :
آزمایشگاه nanotech@surafecs به نشانی اینترنتی http://www.empa.ch/web/s205/overview واقع در آزمایشگاه علوم مواد و تکنولوژی کنفدراسیون سوئیس، به دنبال متقاضیان مجرب دکترا، که پیشزمینه مناسبی در فیزیک شیمی، علوم مواد و یا علم سطح [Surface Science] دارند و به دنبال دوره چالشی دکترا هستند، میگردد؛ تا در زمینه نانو ساختارهای مشتق شده از گرافین شبیهسازی اتمی انجام دهند. این دوره دکترا با همکاری گروه شیمی دانشگاه زوریخ و همکاری نزدیک با تجربی کاران آزمایشگاه علوم مواد و تکنولوژی کنفدراسیون سوئیس است. هدف اصلی این دروه، مطالعه بر روی خواص الکتریکی و مغناطیسی نانو-مواد مناسب برای سنتز با توجه به خواص پیشبینی شده، است.
متقاضیان نیاز است تا مدرک فوقلیسانس در فیزیک شیمی، فیزیک و یا علوم مواد داشته باشند. دانش کافی در مورد خواص سطحی مواد و همچنین تجربه شبیهسازی اتمی و برنامهنویسی (پایتون/فرترن/سیپلاسپلاس) امتیاز محصوب میشود. علاوه بر این به توانایی کافی در مکالمه ی زبان انگلیسی لازم است.
طول این دوره طبق قرارداد میتواند تا ۴ سال ادامه یابد.
برای اطلاعات بیشتر با ایمیل زیر مکاتبه نمایید.
این آدرس ایمیل توسط spambots حفاظت می شود. برای دیدن شما نیاز به جاوا اسکریپت دارید